The last third of שירת הים turns to the future:
<blockquote lang=he><p> <b>טז </b>תפל עליהם אימתה
ופחד בגדל זרועך ידמו כאבן; עד
יעבר עמך ה׳ עד יעבר עם זו
קנית׃ <b>יז</b> תבאמו ותטעמו בהר נחלתך מכון
לשבתך פעלת ה׳; מקדש אדנ־י כוננו
ידיך׃ <b>יח</b> ה׳ ימלך לעלם ועד׃ </p>
<footer class=source>שמות פרק טו</footer></blockquote>
I want to look at one word there that is spelled "wrong":
<blockquote lang=he><p>...מִקְּדָ֕שׁ אֲדֹנָ֖־י כּֽוֹנְנ֥וּ יָדֶֽיךָ׃ </p>
<footer class=source>שמות טו:יז</footer></blockquote>
The דגש is in the wrong place; in every other place in תנ״ך, ‎ מקדש is spelled with the דגש in the ד:
<blockquote lang=he><p>וְעָשׂוּ לִי מִקְדָּשׁ; וְשָׁכַנְתִּי בְּתוֹכָם׃</p>
<footer class=source>שמות כה:ח</footer></blockquote>
And that makes a difference in the pronuciation: this is /miqqədaʃ/ (or /miqqəðaʃ/ if you're Teimani) as opposed to /miqdaʃ/ (the שוא under a letter with a גדש is always a שוא נע). The מפרשים note this:
<blockquote lang=he><p>ומלת מִקְּדָשׁ. כמו מִקְדָּשׁ. וכמוהו (תהלים פט:מה) הִשְׁבַּתָּ מִטְּהָרוֹ. כי הדגש בטי׳׳ת נוסף כדגש קו׳׳ף מִקְּדָשׁ ובעבור שהיה בקו׳׳ף שוא נע נרפה הדל׳׳ת.</p>
<footer class=source>אבן עזרא, שמות טו:יז</footer></blockquote>
<blockquote lang=he><p>הִשְׁבַּתָּ מִטְּהָרוֹ; וְכִסְאוֹ לָאָרֶץ מִגַּרְתָּה׃</p>
<footer class=source>תהלים פט:מה</footer></blockquote>
<blockquote lang=he><p><em>מטהרו</em>: זכותו והוא מלכות שהיה לו, ודגש הטי״ת מטהרו לתפארת הקריאה.</p>
<footer class=source>רד״ק, שם</footer></blockquote>
What does תפארת הקריאה mean? שד״ל says that it adds a syllable to make the words fit the melody (it's a שירה, after all). It's the "ay-ay-ay" of ancient Hebrew:
<blockquote lang=he><p><em>מקדש</em>: דגש הקו״ף לתפארת הקריאה, ונ״ל ששמוהו כדי שיהיה השוא נע, וזה כדי להרבות הברות התיבה, וזה כדי שיהיה נשמע יותר ניגון הזקף הגדול.</p>
<footer class=source>שד״ל, שמות טו:יז</footer></blockquote>
<hr/>
But would propose that there's more than this. Rashi makes a point about the translation of the entire pasuk:
<blockquote lang=he><p><em>מקדש ה׳</em> הטעם עליו זקף גדול, להפרידו מתיבת השם שלאחריו; המקדש <em>אשר</em> כוננו ידיך ה׳.</p>
<footer class=source>רש״י, שמות טו:יז</footer></blockquote>
<blockquote lang=he><p><em>מכון לשבתך</em>:...<em>אשר</em> פעלת.</p>
<footer class=source>רש״י, שמות טו:יז</footer></blockquote>
In other words, it's not "Bring it [עמך] and plant it on the mountain of Your legacy. You made the establishment for Your dwelling, O L-rd; Your hands established the holy place of G-d". The last two phrases are definitions of הר נחלתך, and אדנ־י is an apostrophe. Both פעלת and כוננו ידיך are clauses, not predicates. "Bring it and plant it on the mountain of Your legacy, the establishment for Your dwelling which you made, O L-rd, the holy place, O G-d, which Your hands established". Why is so important that the בית המקדש is כוננו ידיך?
<blockquote lang=he><p><em>מקדש ה׳</em>: ...חָבִיב בֵּית הַמִּקְדָּשׁ, שֶׁהָעוֹלָם נִבְרָא בְּיָד אַחַת, שֶׁנֶּאֱמַר (ישעיהו מח:יג) ”אַף יָדִי יָסְדָה אֶרֶץ [וִימִינִי טִפְּחָה שָׁמָיִם]“, וּמִקְדָּשׁ בִּשְׁתֵּי יָדַיִם.</p>
<footer class=source>רש״י, שמות טו:יז</footer></blockquote>
<blockquote lang=he><p>חביב בית המקדש לפני הקב״ה: שכשברא הב״ה את עולמו לא בראו אלא בידו אחת שנאמר אַף יָדִי יָסְדָה אֶרֶץ, וכשבא לבנות בית המקדש כביכול בשתי ידיו שנאמר מִקְּדָשׁ אֲדֹנָ־י כּוֹנְנוּ יָדֶיךָ.</p>
<footer class=source>מכילתא דרבי ישמעאל טו:יז</footer></blockquote>
The Maharal explains that the בית המקדש is the point that שמים meets ארץ and was formed by *both* "hands":
<blockquote lang=he><p><em>חביב בית המקדש שנברא בשתי ידים וכו׳</em>:...יש לו סוד נפלא בענין מדריגת בית המקדש שהוא מיוחד למדריגה שהיא למעלה משמים וארץ. והנה אבינה קצת הטעם ותבין יותר משכלך...וכן פירושו:...אין ארץ בלא שמים, ואין שמים בלא ארץ. לכך כתיב (בראשית א:א) ”בראשית ברא אלקים את השמים ואת הארץ“, ופעמים מקדים ארץ לשמים דכתיב (בראשית ב:ד) ”ביום עשות ה׳ אלקים ארץ ושמים“, לומר לך כי שניהם שקולים...לומר כי על ידי שניהם הוא מציאות העולם. ואמר הכתוב ”כי ידי יסדה ארץ וימיני טפחה שמים“, כמו שיד השמאל ויד הימין שניהם הם האדם ואין יד ימין בלא שמאל ואין יד שמאל בלא יד ימין, כך השמים והארץ שניהם הם מציאות העולם ושלמותו...אבל המקדש--השם נקרא על הבית הגדול והקדוש כמו שנקרא על שמים וארץ, כי שם הוא שכינתו גם כן. והנה המקדש גדול משמים וארץ, שהשמים נברא ביד אחת, שהרי השמים הוא חלק דבר, וכן הארץ הוא גם כן חלק דבר...אבל המקדש הוא הכל, כי כמו שהשמים והארץ ביחד משלימים ביחד עד שהש״י נקרא עליהם ”השמים כסאי והארץ הדום רגלי“...אבל ביהמ״ק כבודו הנה בבית, ושמו נקרא עליו. פתחתי לך פתח להבין דברי חכמים, ותכלית הדבור בזה הוא יותר נפלא, אבל הדברים האלו כמו פתח להבין מדריגת המקדש שנברא בשתי ידים.</p>
<footer class=source>גור אריה, שמות טו:יז</footer></blockquote>
And that's very nice, but the gemara seems to get it wrong:
<blockquote lang=he><p>דרש בר קפרא: גדולים מעשה צדיקים יותר ממעשה שמים וארץ, דאילו במעשה שמים וארץ כתיב (ישעיהו מח:יג) ”אף ידי יסדה ארץ וימיני טפחה שמים“, ואילו במעשה ידיהם של צדיקים כתיב (שמות טו:יז) ”מכון לשבתך פעלת ה׳ מקדש אדנ־י כוננו ידיך“.</p>
<footer class=source>כתובות ה,א</footer></blockquote>
<blockquote lang=he><p>מקדש--מעשה ידי צדיקים הוא</p>
<footer class=source>רש״י, שם</footer></blockquote>
The Kli Yakar says it's not a contradiction:
<blockquote lang=he><p><em>מקדש ה׳ כוננו ידיך</em>: ...נקט ידיך שתים במשמע פירש רש״י שהעולם נברא ביד אחת והמקדש בשתי ידים כו׳...<em>ומה שקראו המקדש מעשה צדיקים והכתוב אומר כוננו ידיך היינו ידי הקב״ה</em>, לפי שיש לשניהם חלק בזה הבנין, כי הקב״ה הראה למשה תבנית כל המשכן בנוי וכמ״ש כן עשה המנורה הקב״ה עשאה, וכן כל מעשה המשכן.</p>
<footer class=source>כלי יקר, שמות טו:יז</footer></blockquote>
Rav Gur Galon, head of the hesder program at Yeshivat Har Bracha, explains that מעשה ידי צדיקים *is* יד ה׳:
<blockquote lang=he><p>התשובה היא שבריאת העולם הייתה ללא מגע יד אדם (שהרי האדם נברא אחרון לכל הנבראים). לעומת זאת בניין המקדש נעשה על ידי מאמצים של ישראל, ולכן יש כאן גדולה, כי אין קידוש ה‘ יותר גדול משישראל עושים רצונו של מקום, שאפילו האדם שהוא הבריאה החומרית, הנמצא בתוככי העולם הזה שמלא העלם וחושך, מלא אמונה ופועל עם אל ומקדש את שמו בעולם. ”מקדש ה׳ כוננו ידיך“--יש כאן שתי ידיים, היד האלוקית והיד האנושית, שגם היא גילוי מקדושתו יתברך. קידוש ה׳ הגדול הוא בשותפות ישראל בבניין המקדש, בהכרת רצונו ומלכותו וקבלתנו את מלכות שמים.</p>
<footer class=source><a href="https://yhb.org.il/6362/amp/">רב גור גלון, <cite>דבר תורה לפרשת בשלח--מקדש ה׳ כוננו ידיך</cite></a></footer></blockquote>
<hr/>
And what about the oddly vocalized מִקְּדָשׁ? I think there's another example of an unusually-vocalized word, where Rashi makes a point about what it means:
<blockquote lang=he><p>ובבא משה אל אהל מועד לדבר אתו וישמע את הקול מִדַּבֵּר אליו מעל הכפרת אשר על ארן העדת מבין שני הכרבים; וידבר אליו׃</p>
<footer class=source>במדבר ז:פט</footer></blockquote>
<blockquote lang=he><p><em>מדבר</em>: כמו מִתְדַּבֵּר, כבודו של מעלה לומר כן מדבר בינו לבין עצמו, ומשה שומע מאליו.</p>
<footer class=source>רש״י, שם</footer></blockquote>
מִדַּבֵּר is a form of הִפְעִיל, the causative. "The Voice was made to speak" so Moshe could hear. Similarly, מִקְּדָשׁ is not "the holy place" but "the place that is made holy", that requires both ה׳'s direct action and the מעשה ידיהם של צדיקים acting as יד ה׳. We are partners with הקב״ה in bringing קדושה into the world.